Hamidiye Alaylarının kuruluşu da işte bu devrelere rastlıyor(1890). Çıkarılan bir kanunname ile; O güne kadar askere gitmeyen aşiretlerden elbise, hayvan ve eyer takımlarını kendileri, tüfek ve cephaneyi de devletin karşılaması koşuluyla alaylar kurulmaya başlanıyor. Küçük aşiretlerin alay kurmak ve eğitim için bir araya gelmesi Yasak lanıyor, sadece savaş halinde merkezi hükümetin veya ordu komutanının gerek görmesi durumunda birleşmelerine izin veriliyor.
Bu alayları oluşturacak erkekler üç kısma ayrılıyor. 17-20 yaş arası ibtidaiye 20-32 yaş arası nizamiye 32-40 yaş arası redif diye isimlendiriliyordu. Her alaydan iki çavuş Ordu-yı Hümayun merkezine gönderilerek Mektep Alayında eğitilip, sonra İstanbul veya başka yerde iki yıl hizmet yaptırıldıktan sonra terfi ettirilerek alaylarına yollanıyorlardı. Ayrıca her alaydan bir çocuk seçilerek, İstanbul'da Süvari Mektebinde eğitim aldıktan sonra mülazım teğmen rütbesi ile alayına dönüyordu. Böylece alayların subay kadroları oluşturuluyordu. Savaş birliği olan alay ve bölük komutanları mutlaka ordudan diğer subayların aşiret ileri gelenlerinden yapılması öngörülüyordu.
1891'de Mirliva (Tuğgeneral) Mahmut Paşa Van, Malazgirt ve Hınıs'da, alayların örgütlenmesine başlamıştı. Viranşehir'deki Milli, Malazgirt'teki Husnanlı (Hasenan) aşiretleri beşer alayla, Hayderanlı aşireti yedi alayla en güçlü aşiretler olarak dikkat çekiyordu.
Bu alayların görevleri: Düşman süvarisinin yanaşık düzendeki kıtaatını dağıtmak, düşman keşif kollarına güçlük çıkarmak, düşmanı yanıltmak, oyalamak, baskın yapmak ve çekilen düşmanı izlemekti.
Bu arada Ermeniler, 20 Haziran 1890'da Erzurum'da, 15 Temmuz 1890'da Kumkapı'da 6 Ocak 1893'te Merzifon, Kayseri, ve Yozgat'ta ayaklandılar. II. Abdülhamid 1893'te Ermeniler için umumi af ilan etmesine rağmen isyanlar, cinayetler, yol kesip adam boğazlamalar sona ermemişti. 28 Ağustos 1894'te Siirt'e bağlı Sason ilçesinde Ermeni Komitecileri, gerçek anlamda Avrupa'nın dikkatini Ermeniler üzerine çekmek için büyük bir isyanla terör estiriyorlardı. Ayaklanma kanlı bir şekilde bastırıldı. 28 Eylül 1895'te Patrik Aşikyan'ın yerine seçilen İzmirliyan'ın gayretleriyle Ermeniler, Türk ve Kürtler'in kendilerini yok etmelerini protesto etmek gerekçesiyle Babıali'de beş bin kişilik bir grupla bir gösteri yaptılar. 30 Eylül 1895'te, Kumkapı'daki Patrikhane Kilisesinde toplanarak Babıali üzerine yürüdüler. Askeri kuvvetle durdurulmak istenince, Alman müşavirin görüşü alınarak 'iç savaş' çıkar korkusuyla vazgeçildi. Bundan cesaret alan Ermeniler taşkınlıklarını arttırınca Müslüman Halk harekete geçmek zorunda kaldı. Bu anarşik durum üç gün boyunca İstanbul'u karışıklık içinde bıraktığı gibi Trabzon, Tekirdağ ve İzmit'te de Ermeni Müslüman çatışmalarına neden oldu. 20 Ekim 1895'te Devlet-i aliyye Ermeniler için çok önemli olan Islahat projesini resmen kabul ettiğini İngiltere, Rusya ve Fransa'ya bildirdi. 3 Haziran 1896'da Van isyanında; Kafkasya ve İran sınırına yakın olmasından dolayı Ermeni isyancılarının silah ve cephaneleri hem daha fazla, hem de diğer isyanlara göre daha organize ve güçlüydüler. Sason isyanı kadar olmasa da yine kanlı bastırıldı. 25 Ağustos 1896'da Ermeniler İstanbul'da Osmanlı Bankası'na saldırarak 120 memuru rehin aldılar. Sultan Abdülhamid yirmi yedi komitecinin bankadan çıkıp yurt dışına gitmelerine izin verdi. Bu olaydan sonra İstanbul bir hayli korkulu günler geçirdi. Ermeniler'in evlerinden halkın üzerine bombalar atması ve halkın da karşılık vermesi üzerine padişah, Edirne'den getirdiği askerlerle durumu kontrol altına aldı.
1896 yılının sonlarında II. Abdülhamid, Fransız elçisine aşağıdaki tedbirleri acilen alacağını bildirir:
Haklarında hiçbir suçlama sebebi ve delili bulunmayan tutuklular serbest bırakılacaktır.
Islahat Fermanı hemen yayınlanacaktır.
Ermeni Millet meclisi derhal toplantıya çağrılacak ve patrik seçimi yapılacaktır.
Diyarbakır Valisi Enis Paşa görevinden uzaklaştırılacaktır.
İsyanlarla karışıklıkların hükümet tarafından derhal önlenmesi için bütün Valilere talimat verilecektir.
Yapılan bu iyileştirme hareketleri ne Ermeniler'i, ne de Batı devletlerini memnun etmemişti.